Kalurahan Madurejo merupakan sebuah kalurahan yang berasal dari penggabungan 4 (empat) kalurahan lama yang berada di Kapanewon Prambanan yaitu, Kalurahan Kebondalem, Kalurahan Rejodani, Kalurahan Totogan dan Kalurahan Demangan.
Pada tanggal 19 April 1948 Kepala Daerah Istimewa Negara Kesatuan Republik Indonesia Djogjakarta menetapkan maklumat nomor 05 tahun 1948. Dalam maklumat tersebut 4 (empat) kalurahan yaitu Kalurahan Kebondalem, Kalurahan Rejodani, Kalurahan Totogan dan Kalurahan Demangan digabungkan menjadi satu kalurahan dengan nama Kalurahan Madurejo.
Pada Tahun 1946 Kantor Kalurahan Madurejo berada di Macanan. Pada tahun 1974 karena alasan tertentu dan atas kesepakatan tokoh masyarakat, kantor Kalurahan Madurejo dipindahkan ke Potrojayan.
Pada tahun 2004 Kalurahan Madurejo dipindahkan di tempat yang baru dan dianggap berada di tempat strategis, yaitu di Serut. Sampai saat ini Kalurahan Madurejo berada di Padukuhan Serut. Kalurahan Madurejo sempat berganti penyebutan dari kalurahan menjadi desa dan kembali menjadi kalurahan.